Élevée en Inde par des domestiques, Mary a dix ans lorsqu'elle se retrouve orpheline.
Elle est alors envoyée chez son oncle en Angleterre. Dès son arrivée, la jeune fille déteste l'endroit : le manoir est austère, son oncle reste distant, et des cris déchirants se font entendre dans la nuit. Curieuse, Mary enquête et fait la connaissance de Colin, son cousin, qui vit reclus. Ensemble, ils vont découvrir les mystères de la demeure et de son splendide jardin secret.
Et si ce lieu magique avait le pouvoir de changer leur vie ?