Le train de la liberté est l'histoire vraie de Linda Brown, enfant noire de Topeka, aux États-Unis, contrainte par ségrégation à aller à l'école des Noirs, loin de chez elle.À travers les yeux de cette petite fille, nous suivons le combat de son père qui souhaite permettre à sa fille d'aller à l'école en bas de chez eux, avec les Blancs.

Pour rappel, en 1951, Oliver Brown, résident de Topeka, souhaite inscrire sa fille Linda dans l'école Sumner, la plus proche du domicile familial. Un établissement scolaire exclusivement réservé aux Blancs. Âgée de 9 ans, Linda Brown voit sa demande d'inscription dans cette école publique du Kansas rejetée en raison de sa couleur de peau. Elle est par ailleurs contrainte de poursuivre sa scolarité à plusieurs kilomètres au sein d'une école réservée aux élèves noirs.
Oliver Brown dépose une plainte en nom collectif. Le 17 mai 1954, marque l'une des victoires les plus emblématiques du mouvement des droits civiques américains. La Cour suprême juge à l'unanimité que la ségrégation scolaire est contraire à la Constitution. Cet arrêt historique est baptisé Brown contre le conseil d'éducation de Topeka.